微生物型厕所是生态环保厕所的常见类型之一，它是通过特定微生物菌种的作用，将粪便和尿液进行的微生物降解，而后转变为无害化的气体、有机或无机肥料。微生物厕所具有控制系统噪音可忽略，稳定感应灵敏，厕所清理工作量小的优点。
微生物处理系统将排泄物到收集区集中收集进处理设备箱内进行处理，将粪便、尿液沉淀后分离出水依次进入厌氧池、好氧池、兼氧池进行二次处理。生物菌群将有机物分解成无色无味的气体使水得以净化。净化后进行膜生物过滤处理即三级处理，处理程序依次为过滤、曝气、吸附、过滤，将水中的气味、病菌与颜色进行净化处理，使净化后的水达到污水综合排放标准后，再次利用进行冲厕使用。