猪粪、牛粪等有机肥对蔬菜的产量和品质有重要影响。施用适量有机肥，蔬菜产量高，品质好，土壤肥力得到提高和保持。过量或不正确施用有机肥会造成肥害，轻则阻碍植物生长发育，重则导致产量下降、土壤生态恶化等。严重时，植株全部或部分死亡，产量大幅度降低或绝收。
这种肥料一旦施入菜地，会促进和加重土传病虫草害的发生。种植番茄、辣椒、茄子时，青枯病、根腐病、猝倒病的发病率比腐熟有机肥增加30 ~ 40%。蛴螬，蛴螬等。喜欢生活在不分解的有机肥里。如果给蔬菜施用有机肥，这些土壤害虫就会频繁发生，反复发生。
冬春低温，发酵50-60天即可分解。牛粪等猪粪密闭发酵时，前期较高温度可达60 ~ 70℃。此外，肥料中的大多数病原微生物、害虫、虫卵、杂草种子等会因密闭发酵造成的缺氧和大量有毒气体而被杀死。 如果有沼气池，可以把未消化的猪、牛、人畜粪便放进去，让它发酵产气，然后用沼渣、沼液给蔬菜施肥，生态环保。