菜园有机质的多少可以在一定程度上反映土壤肥力；有机质含量高的土壤肥力较高，反之则较低。通常每公斤菜园土有机质含量应不低于20 ~ 30克，高产菜园土每公斤有机质含量应大于50克。红(黄)粘土、水稻土、沙地、山坡等，土壤有机质往往不足或严重缺乏，种植蔬菜时需要多施有机肥。
冬季低温季节种植大棚蔬菜时，部分种植户会施用半腐熟猪牛粪等有机肥。记住蔬菜的根系不要直接接触这种有机肥，肥料要和根系保持一定距离，防止肥料伤害和根系灼伤。乐山蔬菜有机肥与化肥配施可大大提高肥效、肥效持久性，提高蔬菜产量和品质。
冬春低温，发酵50-60天即可分解。牛粪等猪粪密闭发酵时，前期较高温度可达60 ~ 70℃。此外，肥料中的大多数病原微生物、害虫、虫卵、杂草种子等会因密闭发酵造成的缺氧和大量有毒气体而被杀死。 如果有沼气池，可以把未消化的猪、牛、人畜粪便放进去，让它发酵产气，然后用沼渣、沼液给蔬菜施肥，生态环保。