这种肥料一旦施入菜地，会促进和加重土传病虫草害的发生。种植番茄、辣椒、茄子时，青枯病、根腐病、猝倒病的发病率比腐熟有机肥增加30 ~ 40%。蛴螬，蛴螬等。喜欢生活在不分解的有机肥里。如果给蔬菜施用有机肥，这些土壤害虫就会频繁发生，反复发生。
牛粪等农家肥可适当多施；饼和鸡鸭粪的施用量要控制。露地蔬菜有机肥施用量可略少，大棚蔬菜有机肥施用量应适当增加。成都蔬菜有机肥的用量，如营养土、猪牛粪等，备苗不应超过总量的三分之一。对于大多数蔬菜品种和中等肥力土地，每茬667平方米露地可施猪牛粪等有机肥2000 ~ 3000公斤，每茬蔬菜大棚可施有机肥4000 ~ 5000公斤。有条件时，植物有机肥的施用量应占总施肥量的50 ~ 60%。
冬春低温，发酵50-60天即可分解。牛粪等猪粪密闭发酵时，前期较高温度可达60 ~ 70℃。此外，肥料中的大多数病原微生物、害虫、虫卵、杂草种子等会因密闭发酵造成的缺氧和大量有毒气体而被杀死。 如果有沼气池，可以把未消化的猪、牛、人畜粪便放进去，让它发酵产气，然后用沼渣、沼液给蔬菜施肥，生态环保。